Il profondo spazio del presbiterio si apre direttamente sulla navata della Chiesa. Lungo le pareti del presbiterio sono dipinti a fresco quattro grandi riquadri che fanno diretto riferimento al tema dell’Eucarestia attraverso vicende delle quali sono protagoniste alcune figure esemplari del francescanesimo. L’impianto cinquecentesco di questo ambiente viene trasformato entro la metà del XVII secolo, accogliendo le indicazioni che invitavano a rendere visibile ai fedeli lo spazio presbiteriale: nel contempo, infatti, le pareti verranno decorate con specifici episodi tratti dalle biografie di santi francescani. Oggi il vano presbiteriale si presenta con una forma allungata e coperto con una volta a botte alla base della quale stanno quattro vele che ospitano altrettante finestre: le due sul lato orientale sono aperte mentre altre due allungate finestre sono collocate nella parete sottostante. Il presbiterio è accessibile ai lati da quattro porte architravate e dotate di volute che hanno fortemente condizionato, assieme alle aperture soprastanti, la disposizione degli affreschi.
L’arco trionfale – decorato negli anni Trenta del Novecento assieme alla più parte delle cappelle – presenta alla sommità due ovali con Putti che sorreggono simboli della Passione di Cristo sostenuti da angioletti.
I dipinti sono vicini all’ambito di Antonio Balestra e fanno supporre la presenza di un allievo quale potrebbe essere il veronese Carlo Salis. Alla sommità tra angeli in stucco e altri simboli della passione si trova un crocifisso.
L’iscrizione presente sulla cornice soprastante la porticina ricavata tra gli stalli del coro ostenta l’anno 1652. Entro questa data l’opera di ampliamento del presbiterio è quindi portata a compimento e sono realizzati gli affreschi sulle pareti laterali, sistemati gli stalli, innalzate la cantoria e la bella cassa dell’organo. Si tratta di un’operazione complessa, la più articolata messa in opera dopo l’innalzamento della chiesa, promossa probabilmente da Bartolomeo Spiciani. Quest’ultimo che fu guardiano del convento tra 1631 e 1656 e fautore della rinascita del culto per la statuetta di Maria, favorì, nel contempo, la realizzazione degli affreschi che adornano, oltre il presbiterio, la facciata, i chiostri e altri ambienti del convento.
Sotto la cantoria, al centro della parete sta un’iscrizione che ricorda che un fulmine aveva colpito il presbiterio e, per il miracoloso intervento della Madonna, non aveva causato danni irreparabili. Attorno, al di sotto della cantoria, si trovano una serie di piccoli paesaggi dipinti.
Il mobile cantoria e cassa è collocato in una posizione di grande evidenza, al fondo del presbiterio e quindi visibile da ogni punto della chiesa. L’apparato ligneo è assai elaborato in particolare a proposito della cassa data da colonne laterali coperte di tralci: le più arretrate (sulle quali si stagliano due erne) reggono una trabeazione e un timpano triangolare, quelle anteriori sostengono volute al centro delle quali sta l’immagine lignea dell’Assunta.
Sul parapetto della cantoria si trova un crocifisso mentre il simbolo dei Francescani (le braccia incrociate) è collocato in bella evidenza nella specchiatura centrale. La vivacità della decorazione fitomorfa e i colori brillanti, i riferimenti simbolici (i vitigni che alludono alla Buona Novella, il simbolo dei Francescani, il Crocifisso) attribuiscono al complesso il significato eloquente di una pala d’altare.
Attorno alla cassa dell’organo è stato steso nel 1934 (l’anno successivo all’intitolazione di Regina del Garda della Madonna del Frassino) un dipinto murale a tempera, opera di Agostino Pegrassi, che raffigura il contadino in estasi di fronte all’apparizione della Madonna del Frassino.
