I chiostri sono accessibili da un passaggio nella parete sinistra della cappella della Madonna oppure dal portico che muove piazzale esterno, a destra della chiesa.

Percorrendo quest'ultimo (innalzato entro la metÓ del XVII secolo in un momento di trasformazione e razionalizzazione degli spazi e dei percorsi e successivamente tamponato) si osservano affreschi dipinti nelle lunette.
Delle otto scene solo poche sono riconoscibili e permettono di intendere che si tratta di storie di san Francesco.
Verso la fine del passaggio un'apertura sulla destra permette di vedere una parte del tronco del frassino sul quale, dalla parte opposta all'interno della cappella della Madonna, Ŕ posta la statuetta di Maria.